Такие ситуации, которые нельзя отнести (полностью) к уже "известным", таким как, к примеру, оформление допработ, работа с замечаниями Заказчика и т.п.

В этих случаях необходимо соблюдение нескольких простых правил.

Перевод всего в "бумажную плоскость".

Для любой ситуации есть смысл подготовить письмо, которое должно состоять

Описание ситуации

Дата возникновения ситуации

Последствия от "развития" ситуации

Меры, принятые Подрядчиком

Меры, которые должен принять Заказчик.

Просьба "принять меры в срок до".

Ответ на все письма от Заказчика по ситуации.

Не оставлять без ответа (без "опровержения" информации от Заказчика) ничего. Ведь если этого не сделать, то "по документов" будет выглядеть так, что Подрядчик действительно "виноват", хотя это не так на самом деле.

Использовать дополнительные рычаги.

Разъяснительные меры, Резонанс и т.п.

Разумеется, все должно делаться своевременно, либо использоваться формат "пост-фактум".

Достигается не только основная цель (разрешение ситуации, внештатной), но и косвенные, к примеру, фиксация "добросовестности Подрядчика в рамках этой ситуации и контракта в целом.